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Perché gli scienziati dicono che la variante Omicron è “strana”

Il genoma della variante Omicron ha un così alto numero di mutazioni che gli esperti ritengono possa essersi accumulato in un paziente con infezione cronica, in una popolazione umana trascurata oppure in un serbatoio animale.

L’alto numero di mutazioni di Omicron, la nuova variante del coronavirus designata di preoccupazione (VOC) dall’Organizzazione Mondiale della Sanità, ha lasciato perplessi esperti e virologi che hanno visto emergere un ceppo molto diverso dalle precedenti varianti Alfa e Delta. Omicron è così diverso da milioni di genomi di Sars-Cov-2 che in questi mesi sono stati condivisi in rete, che è difficile individuare il suo parente più stretto. “Probabilmente – secondo Emma Hodcroft, virologa dell’Università di Berna – si è discostato presto da altri ceppi”. Questo solleva la questione di dove si siano nascosti i predecessori di Omicron per più di un anno e mezzo di pandemia.

Da dove arriva la "strana" variante Omicron

Secondo gli esperti citati da Science Advances sono possibili essenzialmente tre spiegazioni: il virus potrebbe aver circolato ed essersi evoluto in una popolazione con poca sorveglianza e sequenziamento; potrebbe aver maturato più mutazioni in un paziente con infezione cronica da Covid, oppure potrebbe essersi evoluto in una specie non umana, da cui è recentemente saltato alle persone.

Christian Drosten, virologo dell’ospedale universitario Charité di Berlino, è favorevole alla prima possibilità. “Presumo che questo virus non si sia evoluto in Sudafrica, dove sono in corso molte sequenze, ma da qualche altra parte, nell’Africa meridionale durante l’ondata invernale  – ritiene lo specialista – . C’erano molte infezioni in corso da molto tempo e, affinché questo tipo di virus si evolva, è davvero necessaria un’enorme pressione evolutiva”.

Andrew Rambaut dell’Università di Edimburgo e altri esperti pensano che il virus si sia molto probabilmente sviluppato in un paziente con infezione cronica da Covid-19, forse qualcuno la cui risposta immunitaria è stata compromessa da un’altra malattia o da un farmaco. Quando Alfa è stata scoperta per la prima volta alla fine del 2020, sembrava aver acquisito numerose mutazioni contemporaneamente, portando i ricercatori a postulare la pressione di un’infezione cronica. La tesi è stata rafforzata dal sequenziamento di campioni di Sars-Cov-2 da alcuni pazienti con infezione cronica.

Penso che le prove a sostegno stiano diventando sempre più forti” ha affermato Richard Lessells, ricercatore di Malattie infettive presso l'Università di KwaZulu-Natal. In un caso, descritto da Lessells e i suoi colleghi in un preprint, una giovane donna sudafricana con un’infezione da HIV incontrollata è risultata positiva a SARS-CoV-2 per più di 6 mesi. Il virus ha accumulato molti degli stessi cambiamenti osservati nelle varianti di preoccupazione, un modello osservato anche in un altro paziente la cui infezione da SARS-Cov-2 è persistita anche più a lungo.

Per evitare una possibile fonte di varianti future, Lessells ritiene che “quello che dobbiamo fare è colmare le lacune nella cascata del trattamento dell’HIV. Quindi dobbiamo far diagnosticare a tutti, dobbiamo portare tutti al trattamento e dobbiamo portare quelli che sono attualmente in trattamento inefficace a regimi di trattamento efficaci”.

Secondo Drosten, l’esperienza con le infezioni croniche di influenza e altri virus in pazienti immunodepressi è contro questa ipotesi per Omicron. In queste persone si sviluppano varianti che sfuggono al sistema immunitario, ma sono accompagnate da una serie di altri cambiamenti che le rendono meno capaci di trasmettersi da persona a persona. “Questi virus hanno una performance molto bassa nel mondo reale” perché le mutazioni che consentono a un virus di sopravvivere in un individuo nel tempo possono essere molto diverse da quelle necessarie per diffondersi al meglio da una persona all’altra.

Jessica Metcalf, una biologa evoluzionista presso l’Institute of Advanced Study di Berlino, non è così sicura che questo sia vero per Sars-CoV-2. “Penso che uno dei motivi per cui questo virus abbia funzionato così bene è che un migliore legame con ACE2  – il suo recettore sulle cellule umane, ndr – aiuta sia la diffusione all’interno dell'ospite sia la diffusione tra gli ospiti". Tuttavia, per il momento, è d’accordo con Drosten sul fatto che molto probabilmente Omicron sia circolato e si sia evoluto in una popolazione nascosta.

Alcuni pensano che il virus potrebbe essersi nascosto nei roditori o in altri animali, piuttosto che nelle persone, e quindi ha subito diverse pressioni evolutive che hanno selezionato nuove mutazioni. “Il genoma è così strano” ha affermato Kristian Andersen, ricercatore di Malattie infettive presso Scripps Research, indicando il mix di mutazioni di Omicron, molte delle quali non sono state viste prima in altre varianti. “È interessante, quanto sia follemente diverso” dice il biologo evoluzionista Mike Worobey dell'Università dell'Arizona, Tucson.

Anche se pensa possa essere stata una persona immunodepressa la fonte di Omicron, Worobey ha osservato che l’80% dei cervi dalla coda bianca campionati in Iowa tra la fine di novembre 2020 e l’inizio di gennaio 2021 era portatori di SARS-CoV-2, secondo un recente preprint. “Mi chiedo se altre specie possano essere infettate cronicamente, il che potrebbe potenzialmente fornire questo tipo di pressione selettiva nel tempo”.